防不胜防
早在12月7日黄昏，日军第一支登陆部队——由490名官兵组成的先遣队已在吕宋岛以北193公里的巴坦岛悄然登陆，迅速抢占了岛上的简易机场。随后分兵占领建有水上飞机基地的甘米银岛。这里距吕宋岛北岸仅仅56公里。
12月7日16时30分，日军第二支登陆部队从澎湖列岛的马公港登船，开始向吕宋岛北岸进发。这支约2000人的部队隶属于第四十八师团，因指挥官是台湾步兵第二联队联队长田中透，因此被称为田中支队。为田中护航的是原显三郎指挥的海军第一急袭队。就在日军袭击甲米地的12月10日，田中支队顺利抵达吕宋岛北端卡拉扬河入海口的阿帕里港。
海上航程平安无事的田中支队登陆时遇到了麻烦。两个中队顺利登陆之后，天气突然趋向恶劣，惊天巨浪导致登陆艇无法靠岸。田中只好将主力的登陆点转向了32公里外的堪萨加。登陆行动很快被美军发现，几架b-17轰炸机和p-40战斗机迅速赶来，对田中支队和护航的舰船发起了攻击。原显三郎的旗舰“名取”号轻巡洋舰左舷被炸成重伤，舰上7人死亡，6人受伤。原显三郎登上“长月”号驱逐舰继续指挥作战。另一艘驱逐舰“春风”号和一艘扫雷艇也被炸伤。尽管如此，田中支队还是冒死登上了陆地。11日中午，田中支队主力顺利占领了阿帕里机场。由于机场设施较差，在后来的战斗中并未发挥重要作用。完成护航的海军舰队于13日17时带着累累的伤痕返航。
10日当天，驻守阿帕里的阿尔文·哈德利中尉接到命令，带领菲律宾连前去驱逐先前登陆的两个日军中队。哈德利非常清楚，手下这些不堪一击的菲律宾士兵对上两个精锐的日军中队无异于送死。他一枪未发，带着队伍迅速溜号。
12月7日18时，日军第三支登陆部队——由台湾步兵第二联队第三大队大队长菅野善吉率领的官兵约2000人，在西村祥治指挥的海军第二急袭队护航下从马公出发。10日凌晨1时45分，船队抵达吕宋岛西北海岸维甘港外海。菅野遇到了和田中类似的麻烦，巨大的风浪使他们将登陆点南移了6公里。5时30分，日军登陆开始。10时30分，登陆第一梯队向维甘进发，迅速占领机场。
菅野支队的登陆行动同样很快被美军发现。5架b-17和1个p-40战斗机中队立即前往攻击。“大井川丸”号、“高雄”号两艘运输船被击沉，西村的旗舰轻巡洋舰“那珂”号、驱逐舰“村雨”号和1艘扫雷艇被击伤。美军飞机显然来晚了，之前陆军部队已经登陆，美机炸沉的几乎是空船。菅野支队成功登陆后，西村舰队迅速掉头返航。
11日清晨，日军第五飞行集团第二十四飞行战队的18架战斗机已经进驻菅野支队刚刚占领的维甘机场，成功实现了陆军航空基地的前移。第十四军情报参谋中岛义雄中佐随同菅野支队一起登陆，立即在维甘设立了先遣情报所。
14日，第十四军参谋长前田正实亲自飞抵阿帕里，命令田中、菅野两支队合二为一，由田中统一指挥，向林加延湾方向攻击前进，策应第十四军主力的登陆行动。21日，扩大后的田中支队抵达吕宋岛北部军事重镇圣费尔南多以北12公里的巴克达诺，准备在军主力登陆时向圣费尔南多发起进攻，其间美菲军的零星阻击并未给日军带来多少麻烦。
对于北部小股日军的登陆行动，麦克阿瑟采取的对策是暂时按兵不动。如果派出北吕宋主力前去驱赶北岸登陆的日军，一旦日军主力在南边登陆，增援部队的退路将被完全切断。麦克阿瑟判断日军主力的登陆点在林加延湾一带，那里漫长而平坦的海滩非常适宜登陆。为了迟滞北路日军的快速推进，温赖特征集了吕宋北部山区矿业公司的炸药，炸毁了通往南部道路上的所有桥梁和水上码头。
菲律宾可供登陆的地点实在太多，美军防不胜防。就在北吕宋遭到侵袭的同时，日军第四支登陆部队——第十六师团的2500人在步兵指挥官木村直树率领下，将在南吕宋黎牙实比进行登陆。除了久保九次的海军第四急袭队，高木武雄麾下的海军南菲律宾支援舰队也前来护航。这里距离台湾太远，第十一航空舰队的陆基飞机无法提供有效支援，高木舰队中出现了久违的轻型航母“龙骧”号。高木舰队中还有重巡洋舰“那智”号、“羽黑”号、“妙高”号，轻巡洋舰“神通”号以及7艘驱逐舰和2艘布雷舰。强大的高木舰队醉翁之意不在登陆支援，而在封锁吕宋岛南部海域，阻止美军向岛上运送增援兵力和物资。
12日凌晨2时45分，木村支队在毫无干扰的情况下成功登陆黎牙实比，当时距离他们最近的美菲军也在240公里之外。
日军先锋部队迅速控制了火车站，他们逼迫站长打电话给陆军司令部，紧急调来一趟开往马尼拉的列车。站长在枪口威胁下打通了电话，接电话的一名司令部人员说：“下一班火车要到下周日才有。”
旁边一名参谋机敏地听出了问题。火车站站长应该比谁都清楚下次列车的发车时间。明知故问有两种可能：一是喝多了头晕；二是可能受到了胁迫，那些话是被迫说的。司令部马上派出侦察机飞临黎牙实比。事实果真如此。
15时30分，美军派出10架飞机对登陆南吕宋的日军实施攻击。这回他们遇见了硬茬儿，“龙骧”号航母立即起飞舰载机前往迎击，美军的攻击无果而终。
12月14日，5架b-17再次来袭。这次更惨，其中4架被“龙骧”号的零式战斗机打成重伤迫降，只有1架平安回到了德尔蒙特。情急之下，南吕宋集团只好派出阿尔伯特·琼斯准将的菲律宾第五十一师快速南下，通过破坏道路和桥梁的蹩脚战术迟滞日军的快速挺进。从登陆后第五天开始，木村支队的推进速度明显放缓。在毕考尔半岛北部只有11公里的最狭窄处，两军开始了正面交火。22日，美菲军依托有利地形顽强阻击，甚至逼得日军先头部队后撤了十几公里，但只能让日军放缓进军步伐，对整个战局没有影响。
对于南部突然出现的日军，麦克阿瑟仍未采取大的动作。他向迷惑不解的记者解释了其中的原因：“带兵打仗的基本原则就是保存实力，后发制人。”前面这些不过是小喽啰，他在等待日军主力的出现。情报官威洛比上校预测，敌军主力的登陆行动将在12月28日左右展开。
吕宋岛危机四伏，南面的棉兰老岛也未能幸免，那里一下子来了两支登陆部队。第一支部队由第五十六师团步兵指挥官坂口静夫指挥的坂口支队以第一四六步兵联队、一个野炮大队、工兵和海军特别陆战队各一部组成，他们不属于本间的第十四军，而是第十六军今村均的部队。第二支部队由第三十三步兵联队副联队长三浦俊雄中佐指挥，以该联队第一大队和两个工兵小队组成。两支队伍共计5000余人从帕劳出发，在田中赖三第五急袭队护航下，于12月20日凌晨4时在棉兰老岛的达沃港登陆。当地3500名守军迅速被日军击溃。当天15时，达沃市和机场均落入日军之手。
达沃是菲律宾南部政治、经济、文化中心，也是日侨在菲律宾最大的居住地，共有23000人之多。这些侨民为登陆部队提供了大量帮助。攻击前，日军空投了大量传单，提醒当地居民不准伤害日本人，一张传单上这样写着：
致达沃市的菲律宾人：日本部队已经登陆，他们是来解放你们和你们在菲律宾的同胞的。日本不是对菲律宾而是对美国开战，所以不要和美国人合作，他们才是你们真正的敌人。我们是你们的朋友。但是你们如果用任何方式伤害了本地的日本人，将会面临严厉的惩罚。
日军占领达沃可谓一石六鸟。第一，美军在此有一个简易的海军基地，此举可以彻底解除他们对达沃以东500公里帕劳基地的威胁。第二，掩护黎牙实比日军登陆部队的侧翼。第三，牵制位于棉兰老岛的美菲军对吕宋岛的可能增援。第四，切断菲律宾与澳大利亚之间的联系。最重要的是第五点，这里将成为第十六军攻打荷属东印度群岛最佳的前进基地。后文将提到，日军进攻荷属东印度三路部队中的东、中两路都是以达沃为集结地的。
除留下三浦支队固守达沃，坂口支队连同海军陆战队一部于22日再次出发，于1941年平安夜登陆霍洛岛，击溃了守军的零星抵抗后完全占领该岛。第十六军获得了进攻荷属东印度的垫脚石。
占领达沃日军打下的最后一只鸟是，整个吕宋岛连同棉兰老岛的德尔蒙特全部进入日军战机的打击范围。19日，日军4架轰炸机袭击了德尔蒙特机场，导致3架美机受损。美军大部分轰炸机被迫撤往澳大利亚的达尔文港，只留部分战斗机与敌周旋。从此，从达尔文起飞的b-17必须经过长途跋涉，才能支援美军在棉兰老岛和吕宋岛上的作战。
刹那间，菲律宾群岛风声鹤唳，四面楚歌，各个方向都出现了敌人的身影。司令部里，参谋们迅速在地图上标出多支日军的登陆位置和前进方向。除坂口支队，标示其余几支部队进攻方向的红色箭头统统指向同一个地点——马尼拉。
到底哪一路才是日军的主力部队？参谋们开始七嘴八舌地争论，唯有经验老道的麦克阿瑟静若冰封。在他眼里，上述几路小股日军不过是投石问路，为即将到来的主力采取牵制性行动。因此，除了同样派出小股部队与敌周旋，麦克阿瑟下令美菲军主力按兵不动，以静制动。
虽然已失去了制空权和制海权，但麦克阿瑟依然不愿放弃他那海市蜃楼般的滩头防御计划。此刻他出现了严重的误判，固执地认为华盛顿很快将对菲律宾派出大规模增援。麦克阿瑟不知道太平洋舰队已今非昔比，别说来增援更远的菲律宾，连珍珠港的前哨阵地威克岛都保不住。关岛、威克岛的相继失守带来了一个严重后果，美军一旦对菲律宾实施增援，就必须向南绕更远的路。
战争突然打响让华盛顿始料未及，不过那支由“彭萨科拉”号重巡洋舰护航的船队还是按计划出发了。12月13日，在马歇尔和艾森豪威尔的坚持下，船队继续向菲律宾挺进。但22日到达布里斯班后，船队接到了海军作战部长斯塔克上将——他原本就对援助菲律宾不感兴趣——的命令：就地卸载，所有人员物资用于保卫澳大利亚北部重镇达尔文。这就意味着海军已经不能完成“彩虹五”计划赋予他们维持海上补给线的任务，当然更谈不上与日军舰队决战了。海军现在的首要任务是想尽一切办法守住珍珠港。
马歇尔也承认，海空权尽失使得增援部队无法通过敌人的封锁线，只好认可海军的做法。对此，麦克阿瑟提出了严正抗议。但后来他也不得不承认“敌人空军力量占有压倒性优势”，并允许布里尔顿把残存的战机撤往澳大利亚。
在菲律宾唱主角的主要是陆军。虽然局势异常险恶，陆军部长史汀生和参谋长马歇尔还不愿轻易承认美军在菲律宾的失败，他们一起向曾经在菲律宾待过多年，刚刚就任战争计划委员会主任的艾森豪威尔提出了这一问题。老史和老马都希望小艾说“是的，菲律宾不能被轻易放弃”，但艾森豪威尔在冷静分析后回答：“如果敌人大举进攻，那么在少量援助下，菲律宾可能守不了几个月。”
“尽你最大的努力去挽救他们！”马歇尔依然坚持自己的意见，他知道海军承受着巨大的压力，珍珠港事件造成的损失不仅是物质上的，更深的在于精神层面。海军中包括海军部长诺克斯在内的几乎所有人，或惶恐不安，或萎靡不振。他们既要援救威克岛，又要守卫夏威夷和西海岸，根本无力打破日军对菲律宾的封锁，守住那里的可能性已微乎其微。
马歇尔和艾森豪威尔竭尽全力向菲律宾提供援助，他们动用了1000万美元组织船队和人员偷越日军封锁线，将有限的物资从澳大利亚运往菲律宾。马歇尔还命令副参谋长、航空兵司令官阿诺德设法把战斗机派往菲律宾。遗憾的是，当人们把运到布里斯班的飞机零件进行组装时，发现飞机翼部火炮装置的主要部件磁性线圈不见了，这些费好大劲儿才运去的飞机成了一堆堆无用的废铁，可见仓促投入战争的美国在战争初期的表现有多么糟糕。
12月21日傍晚，在林加延湾海域巡逻的“红鱼”号潜艇从潜望镜里发现，远处海面上出现了一缕缕黑烟，铺天盖地，竟有30多公里长，正向林加延湾不断逼近。这是第六支，也是本间亲自率领的主力部队。76艘运兵船装载着第十四军军部，第四十八师团主力台湾第一步兵联队、第四十七步兵联队，第十六师团第九联队，以及炮兵、工兵、侦察、运输、第五飞行集团地勤部队等，总人数43110人。为主力部队提供海空掩护的，除了高桥亲自率领的第三舰队的40多艘舰艇，还有塚原和小畑派出的大批陆海军战机。连近藤都从海军南方主力部队中调派部分舰只前来参与护航。
惊慌失措的“红鱼”号艇长迅速向基地发报，“发现敌人大队入侵舰队”，同时下令潜艇紧急下潜，眼睁睁看着日军庞大舰队从头顶上大摇大摆地过去，这位胆小避战的艇长随后被免职。
林加延湾位于吕宋岛西海岸，这里有平缓宽阔的海滩，内陆是一片辽阔的平原，被认为是最理想的登陆场所。敌之急所即我之急所，麦克阿瑟一直坚信日军主力的登陆点必在此处，因此在滩头部署了两个师的兵力。
海军主力已经南撤，接到“红鱼”号的报告，威克斯才派出6艘潜艇前往迎敌。美军潜艇赶到林加延湾时已是午夜，日军运输船已安然驶入海湾，并用驱逐舰在海湾周围设置了严密的警戒线。美军潜艇趁着暗夜向日军驱逐舰发起了鱼雷攻击，可惜无一中的。日军驱逐舰纷纷施放出深水炸弹，美军潜艇落荒而逃。唯有“海狼”号潜艇单枪匹马潜入港口，击沉日军一艘大型运兵船，算是给日军制造了一点儿小麻烦。而后几天，那几艘潜艇在日军舰队面前毫无作为。有鉴于此，哈特很快下令潜艇部队撤离菲律宾。麦克阿瑟企图使用潜艇保卫菲律宾的计划完全破产。
“汤米，你的潜艇到底怎么啦？”麦克阿瑟质问哈特道。他沮丧地告诉萨瑟兰：“那些运输船对潜艇简直就是一盘丰盛的菜肴！”随后他发了一封电报给陆军部，请求派一艘航空母舰将战斗机送过来。很快马歇尔就做了回复：“海军认为那是完全不可能的。”
亚洲舰队旗舰“休斯敦”号重巡洋舰已经撤到了婆罗洲东海岸的重要油港巴厘巴板。随后哈特在致麦克阿瑟的一份备忘录中说，他之所以撤走大部分舰艇，是因为“日本空军在吕宋岛上空取得了胜利”。
哈特这种类似逃跑的行为令麦克阿瑟勃然大怒。在随后发给华盛顿的一封电报中，他强烈地指责海军“根本没有打仗的愿望”，海军将领普遍缺乏足够的信心和勇气。老麦与海军的关系本来就差，这样尖锐的批评只能使他与海军的矛盾越来越深。太平洋战争期间，海军中鲜有人说麦克阿瑟的好话，有人甚至讥讽地把运输机上两个头等座位叫作“麦克阿瑟座席”。但就哈特在菲律宾的表现而言，麦克阿瑟的指责并非毫无道理，海军在吕宋岛保卫战中的确未发挥多少作用。
让麦克阿瑟生气的不仅是哈特。12月21日，他派人叫来了布里尔顿，让他将司令部转移到澳大利亚去。布里尔顿要求留下来，承诺愿意按他的吩咐做一切事情。麦克阿瑟烦透了布里尔顿，正想趁机赶走这朵以前的“鲜花”。“不，刘易斯，”麦克阿瑟说，“你到南边去，在那儿用你剩下的轰炸机和不久将得到的轰炸机，对我的帮助要比你待在这儿更大。”——“鲜花”彻底变“牛粪”了。
临别之时，麦克阿瑟向布里尔顿恳求：“我希望你能告诉外边的人们，我们在这里所做的一切努力，以维护我作为一名战士的声誉。”“将军，您的声誉无须任何人维护。”说完这番话，意兴索然的布里尔顿乘一架b-17逃往澳大利亚。
12月22日凌晨2时，一片漆黑之中，在大群战舰舰炮火力掩护下，日第十四军主力开始在林加延湾从南到北24公里的三个滩头强行登陆。对日军来说，最大的麻烦不是美军，而是汹涌澎湃的海浪。第一批登陆船几乎被巨浪掀翻，两个大队步兵和一个大队山炮兵换乘就花去两个半小时。47分钟后，第一条船终于靠岸，后随船只多艘被巨浪掀翻。他们在海滩上并未遇到像样的抵抗，登陆的日军浑身湿透，通信设备因浸水无法使用，各运输船之间无法联系，自本间以下所有人都无法掌握登陆的进展，个个忧心忡忡。登陆艇在浅滩上一字排开，若遭遇美军炮击，势必损失惨重。想到此节，本间觉得脊背发凉。他后来作为战犯接受审判时回忆：“在菲律宾战场上我经历过三次危机，这是其中第一次。”
4时17分，日军第四十八师团主力在阿峨南方地区和阿林盖附近成功登陆。9时许，第一批官兵已全部登陆。虽然遇到了一营菲律宾士兵的抵抗，但日军还是巩固了滩头，并很快向纵深推进占领军事要冲罗萨里奥。6时30分，上岛良雄大佐的支队在圣法维安西边登陆，以期尽快同之前南下到圣费尔南多的田中支队取得联系。傍晚时分，日军大部分步兵和半数坦克已经上岸，开始顺着三号公路向马尼拉方向挺进。本间于23日晨在圣法维安登上陆地，在滩头迅速建立起战斗指挥部，他下令各部上岸后不必集结，立即向岛内纵深快速挺进。
温赖特手下的北吕宋部队有28000人，数量上已经不占优势，质量上则差得更远。麦克阿瑟将精锐部队大都放在马尼拉附近，守卫漫长海岸线的都是缺乏训练、装备低劣的菲律宾“民兵”，他们根本不是日军的对手。面对张牙舞爪、疯狂冲锋的日军士兵，他们一触即溃，纷纷丢下步枪向山中逃窜，任凭美军军官挥舞着手枪大声恫吓也无济于事。只有罗萨里奥的第二十六骑兵团在皮尔斯上校的带领下进行了顽强阻击，将日军的进攻迟滞了几个小时。
救急电报一封封发往马尼拉。12月23日，麦克阿瑟起了个大早，乘坐帕卡德吉普车亲自巡视了林加延前线，他想亲眼看看温赖特电报里说的危机局面到底是什么样子。还没等他进入前线指挥所，老远就听到温赖特声嘶力竭的叫喊声。当亲眼看到那些菲律宾士兵面对日军凌厉攻势的狼狈模样，麦克阿瑟终于理解了温赖特电报中所言“一群乌合之众”的深刻含义。他看到温赖特到处奔走，企图撑住濒临崩溃的防线，但他的所有努力均付之东流。温赖特向他诉苦：“几乎没有一支部队是完全机动的，所有部队都缺乏训练和装备。”他的参谋部编制不全，缺乏训练有素的工作人员，多数菲津宾士兵没有钢盔、挖壕工具和毛毯这样的基本步兵装备。正如第二十一野炮团团长理查德·马龙上校所言：“看见那些溃兵的模样，这些乌合之众的存在简直意味着一场灾难。”
当晚，温赖特恳求将唯一的美军师调上战场，以阻止日军的快速挺进，使他能够有喘息之机来整理战线，麦克阿瑟对此不予同意。由于之前曾经向华盛顿夸过海口，已经大祸临头的麦克阿瑟仍不愿转而执行退守巴丹的“彩虹五”计划。
麦克阿瑟命令布里尔顿派出战机攻击日军登陆部队，空军仅剩的4架b-17只好硬着头皮前往登陆场上空，他们立即遭到日军战机和高射炮火的双重打击，飞行员匆匆扔下炸弹迅速撤离，没有一颗炸弹命中目标。一些p-40战斗机也加入了攻击行列，但只不过是让日本人慌乱了一阵而已。
从前线回来之后，麦克阿瑟立即致电陆军部，要求紧急增派战斗机和轰炸机阻止日军向马尼拉挺进，并希望海军能够运来更多的部队和物资。“我能在这方面有所期待吗？”他向华盛顿发出警告，除非援军能及时到达，否则整个西太平洋都将陷落日军之手，“胆怯苟安是不能战胜像日本这样气焰嚣张的敌人的”。
更让麦克阿瑟想不到的是，此时丘吉尔已经带领一大群幕僚远渡重洋到了美国。在随后一个叫作“阿卡迪亚”的会议上，两国首脑进一步明确了“先欧后亚”的战略方针。会议商定盟军的首要任务是集中力量先在欧洲打败德国，太平洋只能暂取守势，万不得已时不惜放弃菲律宾等战略要地。直到晚年，麦克阿瑟对此仍耿耿于怀，他在回忆录中写道：“很可惜，谁也没有告诉过我这些重要会议的决策，我还以为他们正在尽一切努力给我们增援呢。”
在随后几天的战斗中，尽管麦克阿瑟拿出了看家的坦克部队，温赖特也命令最精锐的第二十六骑兵团前往阻击，但战场形势仍然一边倒。几天激战使这个原有842人的团只剩下450人。温赖特命令皮尔斯上校尽可能迟滞日军的攻势，孤立无援的骑兵团又坚持了4个小时才开始后撤。骑兵出身的温赖特对这支部队赞誉有加：“在这里，我看到了一场真正的骑兵阻击战，皮尔斯上校和他的骑兵兄弟出色完成了自己的任务。”
可惜美菲军中像第二十六骑兵团这样的部队纯属凤毛麟角，美菲军防线很快被日军撕得支离破碎，上岛支队已顺利与先期登陆的田中支队会合。24日，日军攻占碧瑶，前锋部队已经直指中央平原。
局面已经不可收拾，但灾难远不止于此。就在碧瑶失守的那天拂晓，日军第八支登陆部队——第十六师团主力7000余人在师团长森冈皋中将指挥下，在南吕宋东海岸的拉蒙湾强行登陆，那里距马尼拉只有110公里。负责南吕宋防务的帕克准将将防御重点放在了西海岸的八打雁一带，原来负责这一地区的菲律宾第五十一师已抽调南下，阻截在黎牙实比登陆的木村支队，因此拉蒙湾防务极度空虚。到当天傍晚，森冈主力部队在付出死亡84人、负伤184人的微弱代价后成功登陆。圣诞节这天，日军已在南吕宋站稳了脚跟。
尽管帕克准将的16000人比起日军人数占优，但他们根本不是久经战阵的日军的对手，菲律宾军队在稍作抵抗后迅即崩溃。与此同时，北吕宋日军的力量也在不断增强，第十四军军部和第四十八师团登陆之后，奈良晃指挥的第六十五旅团近7000人也在林加延湾登上陆地。由于日军牢牢掌握了制空权和制海权，后续日军的登陆行动一路畅通无阻。本间据此确信，他的第十四军能够按照大本营的原订计划，在主力登陆50～60天内，也就是1942年2月9日，最迟19日之前占领全部菲律宾。
日军在拉蒙湾突然登陆等于在前面已自顾不暇的美军屁股上迅猛地插上一刀子。直到此时，麦克阿瑟才意识到，他的部队已危在旦夕。海军跑了，空军没了，只剩下装备极差的陆军在抵抗日军的全面入侵。战争真正打响仅仅44个小时，守军已处于全线崩溃的危险状态，马尼拉失陷已成定局。本间的企图十分明显，就是实施南北夹击，将美菲军主力合围在以马尼拉为中心的中部开阔地带，一举歼灭。避免这种局面的出路只有一条，就是立即主动撤退，把主力部队撤退到筑有坚固堡垒的巴丹半岛。重新回到“彩虹五”的老路，是唯一明智的选择。
麦克阿瑟能成为二战名将，并不在于他永远不打败仗，而在于在面对危局时能够迅速做出判断并采取有效的应对措施。虽然最后败给了本间，但事实表明麦克阿瑟更善于从战略高度谋划整个战局，他迅速向马歇尔提交了紧急报告，提出将主力撤退到巴丹半岛，然后固守待援。
在报告中，麦克阿瑟有意夸大日军兵力，对自己实力进行隐瞒，以使撤退尽可能显得“冠冕堂皇”一些。他说日军登陆船队有70～80艘运输船，登陆的步兵有80000～100000人，而自己在吕宋岛只有40000人。实际上日军主力只有43000人，加上前期登陆的几支小部队最多就50000多人，而美菲军在吕宋岛的部队绝对不少于75000人。对麦克阿瑟提出的滩头防御计划，马歇尔本来就半信半疑，况且美国参谋长联席会议认为“仅仅凭借菲律宾幸存的33架飞机不可能阻止一场大规模的入侵”，因此马歇尔迅速批准了撤退计划。
12月24日傍晚，痛下决心的麦克阿瑟终于向南、北吕宋部队下达了撤守巴丹半岛的命令。后来他回忆说：“敌人从南北两面夹击，如果让日军将我的主力逼近中部平原以防御马尼拉，那简直无异于自寻毁灭。退入巴丹半岛，我还可以尽量灵活地调动全军，争取生存的机会。”他的决定无疑非常正确，只可惜决心下得晚了一些。麦克阿瑟非常清楚，要想完成为时已晚的撤退计划困难多多，撤退同样需要完美无缺的指挥艺术。当前他面临着诸多难题。
第一个难题是，马尼拉守军已处在敌人南北夹击之中，前线各部已与日军搅在一起，迅速脱离强敌安全撤退困难极大，搞不好将加速失败甚至全军覆没。
第二个难题更为棘手，就是如何把散布各地的弹药、补给等尽快转移到巴丹半岛，这是长期固守必不可少的东西。由于担心影响菲律宾人的士气，麦克阿瑟事先并未在巴丹贮存大量粮食、弹药。
转运物资需要大量的时间，前线部队必须尽可能迟滞敌人的进攻。如果麦克阿瑟事先做好坚守滩头和适时撤退两手准备，或者早些时间决定撤退，本不应该如此被动。但轻敌导致他满脑子都是“近海防御”，没有料到日军进攻如此神速，结果使原本不是问题的问题反而成了最大的问题。
四面楚歌的菲律宾意外地收到一条好消息。12月22日，华盛顿一纸电令将62岁的麦克阿瑟晋升为四星上将。哈特为此打来了祝贺电话，麦克阿瑟道谢之后说：“我很高兴，我应得的军衔终于回来了。”随后不久，萨瑟兰、温赖特等人也晋升少将。可惜这些空头支票对吕宋岛的危局丝毫无补。圣诞之夜的马尼拉饭店，麦克阿瑟叫来了副官锡赫夫中校：“带上琼和阿瑟，我们准备去科雷希多。”
科雷希多是一个面积不到7平方公里的蝌蚪形小岛，坐落在马尼拉湾入口处，与巴丹半岛只隔着3公里宽的海峡，天气晴朗时可以从那里清晰地看到巴丹半岛中央高耸的死火山。当地人管这个小岛叫“岩石堡”，岛上山峦起伏，隧道纵横，著名的马林塔隧道是麦克阿瑟任陆军参谋长时特别授意修建的。早在1936年，美军就开始建设这一要塞，在小岛上修筑了大量永久性防御工事，部署作战部队4000人和远程大炮42门，此外还有非作战军事人员4000人，居民2000人。小岛恰似一个瓶塞，像一夫当关的勇士一样扼守着马尼拉湾，只要美军能够守住这个小岛，日军就无法通过和利用马尼拉湾。
赫夫很快带着一辆卡车来到了饭店大门前。顶楼的豪华套房里，琼和保姆阿珠手忙脚乱地收拾行李。需要带走的东西太多了，银具、瓷器、衣物等。琼收拾了一个箱子，装的大部分是食物、阿瑟的衣服及家庭照片。最后，她从一个玻璃盒中取出麦克阿瑟的一大堆勋章，卷进一条毛巾塞进了箱子。房间里8000册麦克阿瑟多年的藏书只好放弃——实在可惜！赫夫帮琼提上箱子，顺手抄起了阿瑟的三轮童车。走到一半，赫夫好像想起什么，放下车子又跑回顶楼。不一会儿，他拿着麦克阿瑟的柯尔特手枪、一顶旧式软战斗帽和一瓶苏格兰威士忌跑了下来。一行人匆匆赶往码头，登上“唐埃斯塔班”号客轮渡海前往科雷希多。
撤退行动自然不能落下奎松总统，如果他落到日本人手里，那就糟了。早在木村支队登陆黎牙实比的12月12日，麦克阿瑟就曾向奎松提过撤到巴丹的问题，那位机敏的菲律宾总统一时难以接受。作为菲律宾自由与民主的象征，奎松认为开战仅仅几天，自己就放弃首都躲到岛上去打游击显然有失光辉形象。他很难想象那样的结局，成为落荒而逃、寻求庇护的政治家，把人民抛弃给残暴贪婪的敌人。“我要和我的人民在一起，”奎松固执地怒吼，“与他们同存亡，共命运！”
“总统先生，我知道像您这样勇敢的人肯定会这么回答的，”麦克阿瑟边拍奎松的马屁边劝解道，“这不是您个人的安危，而是菲律宾政府的存亡。我的最大责任，就是不能让您落到日本人手里。”
奎松罹患严重的肺病，医生判断他最多还能再活上一两年。对于轮椅上的奎松来说，如果狼狈地逃往那个小岛，就意味着付出了巨大艰辛才获得的菲律宾人民的自由很快又将失去。因此，无论麦克阿瑟如何安慰他，说“这是最恶劣状况之下的打算”，奎松还是浑身战栗，激动不已。但情感必须服从现实，急转直下的形势使得撤退必须尽快实施，这一点奎松非常清楚。
几个核心人物应召来到了独立宫，一起商议做出最后的决定。奎松提出，自己将和副总统奥斯梅纳随麦克阿瑟一起去科雷希多，他告诉豪尔格·巴尔加斯和何塞·劳雷尔：“你们两个留下来应付日本人，干下去，尽你们所能和那些人讨价还价。努力使菲律宾保持统一和完整，为了菲律宾的未来，你们必须这样做。”
“人们会骂我们是卖国贼的。”劳雷尔禁不住失声痛哭，他不愿做菲律宾的汪精卫，强烈要求和总统一起去科雷希多。
奎松从轮椅里挣扎着坐直身体，解释道：“总得有人在日本人面前保护我们的人民啊！”奎松话音未落，身边三人均已泣不成声。奎松坚持说，留下来是劳雷尔的责任，他要求四人在取得胜利之前保证不把这一秘密泄露出去。
马尼拉到处弥漫着凝重而不祥的气氛。为了逃难，几乎所有的船舶连小舢板都被征用了。在惨淡的月光下，装载大批撤退人员的船只蹒跚来往于巴丹与科雷希多之间。12月24日傍晚，奎松总统和塞耶高级专员带着一众政府要员乘“唐埃斯塔班”号前往科雷希多。人们的沮丧心情与马尼拉湾旖旎的月下美景形成了鲜明对比。轮船底舱里堆放着菲律宾政府大量的金条、银锭，一位美国军官独自唱起了《安静的夜》，没有一个人随声附和。
远处的爆炸声此起彼伏，那是守军在炸毁供油站和仓库，以防它们落入日军之手。在马尼拉以南的“卡维特”海军船坞，100万桶燃油被付之一炬，冲天大火将夜空映照得像血一般通红，引发的滚滚浓烟覆盖了整个马尼拉市。
圣诞节之夜郁闷无比的不仅有放下武器的香港守军，这天晚上，由于失去了藏身之所，吕宋岛仅剩的4架战斗机只好悻悻飞往巴丹半岛。
华盛顿电令哈特将留在尼拉湾的两艘老式驱逐舰开往爪哇，并命令他到那里重组美国远东舰队。两天之后，哈特乘“鲨鱼”号潜艇抵达爪哇，马尼拉湾只剩下一艘补给舰、几艘炮舰和少数鱼雷艇，由第十六海军军区司令官洛克威尔少将指挥。这些舰艇将用于支援麦克阿瑟的巴丹保卫战，最后麦克阿瑟正是乘坐那几艘鱼雷艇逃出生天的。
重要人员均已撤走。12月26日，在与华盛顿和奎松充分协商之后，麦克阿瑟通过报纸和广播发表了“马尼拉为不设防城市”的正式声明：
为使首都地区免遭空中或地面攻击的毁坏，特此宣告马尼拉为一个无军事目标特征的不设防城市。为了不给可能产生的错误以任何借口，美国高级官员、共和国政府和所有作战军事装备都必须尽快撤出它的城郊。市政府连同它的保安部队、警察将继续履行职责，使生命和财产的正常保护得以维持。市民必须服从合法当局，并继续进行正常的业务活动。
国际法规定，不允许轰炸没有军事防御措施的“不设防城市”。对麦克阿瑟发表的声明，日本人根本不予理睬，国际公约在他们眼中不过是一纸空文而已。他们继续出动战机对菲律宾首都实施轰炸。由于妨碍日机低空飞行的高射炮已不复存在，日军轰炸变得更加毫无忌惮。马尼拉行政厅、姗芬德拉多兰大学、圣多明科教会、姗达罗沙大学等古老建筑陆续遭到破坏，数百名市民在轰炸中丧生。
马尼拉被宣布为“不设防城市”的同一天，日第十四军情报参谋中岛义雄向本间和前田提出报告，称麦克阿瑟的司令部很可能在向科雷希多转移，而美菲军主力亦积极向巴丹方向移动。本间和前田立刻意识到麦克阿瑟欲金蝉脱壳，试图撤退到巴丹和科雷希多固守待援。这一消息被迅速电告南方军和大本营。
然而东京大本营坚持认为，第十四军的首要目标为占领马尼拉。在此情况下，日军首要选择无疑是追击歼灭美菲军主力。如果人消灭了，地盘不就都是你的了吗？日军仍然死盯马尼拉，显露出战术的短视和死板。
东京的指示让第十四军进退两难。有人提出按大本营的命令行事，切勿节外生枝。也有人提出，美菲军即使逃入巴丹半岛也难逃最终覆灭的命运。待占领马尼拉之后，日军主力回过头来很容易就能收拾敌军残部，一名参谋形容“麦克阿瑟已成为飞进火焰的蛾虫”。
在日军高级将领中，文人本间属于比较听话的温顺型，他只好下令主力部队按照大本营的指示继续向马尼拉快速挺进，这就给了美菲军撤往巴丹的机会。老酒窃以为，如果是鲁莽型的山下奉文遇到类似情况，不一定会那样做。
但美菲军的形势仍然是一塌糊涂。撤退命令已经下达，但明显错过了最佳时机。南、北两路日军在步步紧逼，留给美军要做的事情还很多很多。为了能够更直接地观察战场，同时表示自己的无所畏惧，麦克阿瑟将司令部设在了科雷希多岛最高的山顶上。没过几天，日军轰炸机就把山顶的营房夷为平地，他不得不将司令部转移到马林塔隧道之中。心急如焚的麦克阿瑟就像一头困在笼子里的雄狮一样来回踱步，向前线发出一道道紧急命令。作为一个终生都不服输的硬汉，濒临绝境的麦克阿瑟开始焕发新的激情，逐渐展示出杰出的军事才能。
24日，美军菲律宾师主力和航空兵临时指挥部率先撤入巴丹半岛，第十四工兵团开始昼夜不停加紧修筑防御工事，迎接更多撤退部队的到来。傍晚时分，南吕宋部队指挥官帕克准将抵达巴丹，全面主持撤退部队的相关事宜。26日，布雷梅尔准将的菲律宾第三十一师撤入半岛。28日，第四十一师也随后赶到。加上原有守军，巴丹已有兵力近20000人，防御体系也初步形成。撤退完成之后，帕克也晋升为陆军少将。
在马尼拉战略预备队和南吕宋部队撤往巴丹的同时，麦克阿瑟下令温赖特少将必须想尽一切办法，对南下日军主力进行阻击，为撤退及抢运物资争取宝贵的时间。他特意下令本就寥寥的坦克部队实施积极机动，随时为北吕宋部队迟滞日军前进的作战提供支援和火力掩护。
后勤部队也被紧急动员起来，向巴丹运送尽可能多的粮草弹药。大量民用车辆被征用，刹那间，无数车辆从四面八方涌向巴丹。在马尼拉出城的三号公路上挤满了满载弹药的卡车，拖着155毫米炮的牵引车，装载着海军枪炮的卡车以及大小轿车，不少马车、牛车也夹杂其中——怎一个“乱”字了得。
抢运给养工作进行得极不顺利，简直可以说是一团糟。越乱越出错！由于时间紧迫，在下令抢运物资时，麦克阿瑟竟然忘了与奎松及时通气——这也与他一贯颐指气使的性格相符。奎松水平不咋地，脾气挺大，他对美军擅自向巴丹运送物资大为不满，还立即颁布了一项指令，严禁美军从未被日军占领的地区征集食品和运走粮食，更不许他们擅自占用铁路。等双方再次沟通达成一致意见，奎松重新下达命令时，大量宝贵的时间已经被白白浪费掉了。
同时，由于司令部的参谋们将大部分精力用于对付日军的进攻，向巴丹抢运物资的命令只是简单通知下去就算完事，没有人实施跟进督促与检查。执行命令的部队根本未能理解此举的重大意义和紧迫性，各地抢运物资的工作也就拖拖拉拉，进展缓慢。个别部队在撤退之际甚至顾不上炸毁后勤仓库就落荒而逃，很多弹药、物资成了日军的战利品。
现在所有目光都盯住了北吕宋指挥官温赖特少将。撤退能否成功的关键，就在于在日军的凌厉攻势下，温赖特和弟兄们能坚持多久。骑兵出身的温赖特是麦克阿瑟在西点军校的师弟，老麦大四那年，小温入学。沧海横流方显英雄本色，现在是温赖特拿出真功夫的时候了。温赖特的确不负众望，奇迹般将溃散的部队集合起来，使他们重新焕发起战斗的勇气。仓促之间，温赖特指挥美菲军在日军前进道路上构筑了5条临时防线，每条防线之间相隔约一天路程。温赖特指挥北吕宋部队依托防线且战且退，同时命令工兵部队炸毁桥梁、设置路障、破坏道路，有效迟滞日军的进攻速度。撤退途中，他们总共炸毁的桥梁达184座。在香港和马来亚，英国人类似的事情也干了不少，很快就会轮到爪哇岛的荷兰守军这么干了。将来如果日本人在战俘营里举办一个桥梁爆破劳动竞赛，水平估计低不了。
最让日军头疼的是两个美军坦克营。“斯图亚特”轻型坦克如果放在欧洲战场估计打不上主力，面对日本人却成了克敌制胜的利器。日军的89式中型坦克和95式轻型坦克都难以抗衡。作为战略预备队，这两个坦克营东挡西杀，左冲右突，在战场上疲于奔命、四处救火。日军步兵缺乏有效的反坦克武器，这些坦克的出击往往能取得意想不到的战术效果。
在关键的阿格诺河防御战中，温赖特率领几乎弹尽粮绝的部队，硬是将已经过河的上岛支队顶了回去，在椰林中擦拭汗水的上岛良雄也被美军流弹击毙。尽管如此，温赖特的每条防线也只能守一天左右。到28日清晨，美菲军已经退守距离马尼拉只有97公里的第四道防线。1941年最后一天，他们只能死守最后的第五条防线了。
从登上陆地那一刻起，日第十四军前田参谋长就一直强调，绝不能让美菲军撤退到巴丹半岛，他的意见得到了第四十八师团师团长土桥勇逸的赞同，可是两人的意见并未得到大本营和南方军的认同。爱好文学的本间肯定看过咱们的《三国演义》，对美军主动放弃马尼拉的行为，本间误以为这是麦克阿瑟摆下的“空城计”，试图引诱日军上钩。“谨慎为妙”使得本间不但下令放慢了日军的推进速度，更未能及时打破美军退守巴丹的战略企图。
如果日军不朝向马尼拉，而是继续向温赖特部施压，全力攻下美军撤退必经之路——卡隆比特河上的两座桥梁，那么北吕宋第七十一师、第九十一师及南吕宋部队主力撤向巴丹的咽喉要道将被彻底切断，围歼美菲军主力于马尼拉平原地带的战略意图就有可能变成现实。就在本间举棋不定的几天里，溃退的美菲军和成群结队的难民夺路而逃，无数行人和车辆拥堵在桥头，一些车辆不得不掉头返回马尼拉，正好与从那里驶出的车辆迎头顶上，进一步加剧局面的混乱。
拥挤不堪的道路简直乱成了一锅粥。美第十七军械连马茨·奥斯维尔中士这样形容当时的情形：“我们一路向南撤退，撤退很快变成了溃退。可笑的是，我们只有溃退的精神状态却没有溃退的速度。道路被堵得水泄不通，整个公路上一片嘈杂，英语的叫骂声、菲律宾语的叫喊声、女人和小孩儿的哭叫声此起彼伏，连维持秩序的宪兵也束手无策。我们很担心遭到日军空袭，当时我们的战斗机早已不见了踪影。日军战斗机或轰炸机俯冲下来，就能把挤在公路上的车辆炸成碎片。幸运的是他们始终都没有来。”
中岛参谋根据进一步的情报确认，美菲军主力正一窝蜂地退向巴丹半岛。此时本间才意识到自己出现了致命失误，下令不惜一切代价切断那两座至关重要的桥梁。麦克阿瑟投入了最后一支坦克预备队，以高昂的代价阻止了日军的企图。被胜利冲昏了头的本间满脑子都是马尼拉，那可是日军“南方作战”攻下的第一个敌国首都，这对一个军事将领来说是至高无上的荣誉。他全然忘记了日军掌握着制空权，炸断那两座桥易如反掌，只需派出少许轰炸机扔下几颗炸弹就ok了。
现在，炸毁那两座桥梁的主动权到了美军手中。1942年元旦凌晨，温赖特少将已经遥遥望见日军先头部队的模糊身影了，当最后一批断后部队连滚带爬通过桥梁时，温赖特怒吼一声：“炸掉它！”6时15分，随着两声惊天动地的巨响，那两座大桥轰隆隆栽倒在湍急的水流之中，几乎要冲上桥面的日军止步了！
温赖特以空间换时间的顽强战斗取得了显著成效，本间的重大失误帮助美军成功实现了“远东敦刻尔克大撤退”。行动中，美军损失甚微，共有9个师约80000人撤到巴丹，进入半岛的还有难民26000人。日军后来也承认，美军的成功撤退是一次“伟大的战略行动”。但胜利并不能通过撤退获得，所谓“伟大”行动并未最终挽救美菲军覆灭的命运，不过将失败向后推迟了几个月而已。
如果将马尼拉湾比喻成瓶子，那么科雷希多无疑就是瓶塞。刚刚指挥完大规模撤退的麦克阿瑟立即就吹上了：“日本人也许找到了瓶子，但是我掌握着瓶塞。”他对外宣称，向巴丹撤退的决定是他在菲律宾防御战中做出的最英明、最关键的决策，全然忘记当初做出这一决定时他是多么不情愿。
相比更加糟糕的其他战场，麦克阿瑟据守的巴丹堪称亮点。并非由于他做得很好，而是因为别人做得更差。之后美菲军坚持对抗近半年之久，巴丹和科雷希多因此成为盟军远东“最后的堡垒”。麦克阿瑟晚年在《回忆录》中如此写道：“巴丹和科雷希多成了全球的抗日象征，也是一种精神鼓舞。”对此，日本人深表赞同，他们同样认为“巴丹抗战产生了一种影响力，一种精神上巨大的影响力”。
1942年的新年注定将深深为后人铭记。几乎整个世界都硝烟弥漫，到处充满了血腥和杀戮，全球超过80％的人口卷进了那场可怕的战争，只有日本四岛是另外一番景象。战争仅仅开始一个月，陆海军取得的辉煌战绩足以使日本国民相信，“大日本帝国”很快会在这场对西方的战争中取得最后胜利。1941年最后一天晚上，兴奋的人流似一条望不到头的长龙拥向明治神宫，人们要在深夜12点钟声敲响之际向化缘箱里投下钱币，祈祷“大日本帝国武运长久”。老酒幼年时期看连环画，经常把那四个字念成“武连长久”，还时常思考这个连长是个什么玩意儿，如此有名。战争并未影响节日的欢乐，反而给人带来一种期望。最近好消息接踵而至，日本人都相信很快就会从前线传来下一次大捷的喜讯。
此时日本人尚不知晓，自己忠实的盟友德国人已经在莫斯科城下遭遇了第一次重大挫折。他们仍相信德国人将很快战胜苏联，并迫使大英帝国迅速退出战争，美国也不得不牺牲太平洋而致力保护它在大西洋的利益。日本所有战略都是以此为出发点，不单普通民众，在内阁和大本营的高层人士中，普遍弥漫着一种狂躁的“胜利病”。
清醒者可谓凤毛麟角。因为备受争议的偷袭珍珠港大获全胜，一个人已成为新时代的国民英雄，人们已经开始将他与当年的东乡平八郎元帅相提并论。四面八方的信件和电报发往了联合舰队旗舰“长门”号。山本每天收到的信件多达20厘米厚，寄信者中甚至出现了小学儿童。一些士兵家属在信中说，为自己的儿子或丈夫能够在长官的带领下取得如此辉煌胜利感到骄傲和自豪。一位卧病在床、病入膏肓的乡间中学校长来信说，想请山本为他题一幅字，作为奖励成绩优秀学生的奖品。由于前线战事进展异常顺利，闲来无事的山本也会饶有兴致地一一拆阅信件，并认真回复每一封来信，用的竟然还是毛笔！想想那边马林塔隧道中急得跟狼一样到处求援的麦克阿瑟，再看看这边用毛笔优雅回信的山本五十六，世事之不公莫过于此矣！
面对四面八方的狂热赞誉，山本并未因此而得意忘形。他在一封信中如此写道：“由于官兵的努力奋战，居然使我一夜之间成了英雄，实在惭愧之至。”山本清醒地意识到，事情的最终结果可能与人们的预期恰恰相反。在写给原田熊雄的信中，山本说：“开战之初确是顺利，究其原因，应归结为天助神佑。在这种时刻，尤其应自慎自戒，克己奉公。”
山本不满意某些人的“盲目高兴”，“讲起话来好像战争结局已经决定了似的”。他为东京那些顶头上司的“能力和见识”感到担忧。在写给驻上海中国舰队司令官古贺峰一中将的信中，山本说：“英国和美国可能低估了日本，但从他们的观点来看，就好像被自己喂养的狗咬了手一样。”有关方面决定在东京日比谷公园为战功赫赫的海军修建一座刻有《军舰进行曲》的纪念碑，按常理，山本是题写碑文的不二人选，但他还是谨慎拒绝了此事。山本提醒手下的高级将领，“看来美国尤其下定了决心，要在不久的将来全面投入战争”。
1942年2月12日，意气风发的山本乔迁新居。联合舰队司令部从“长门”号迁移到了世界第一战列舰“大和”号上，就是后来被陆军讥讽的“大和宾馆”。办公条件尚未就绪，南方传来了大英帝国远东最大堡垒新加坡被攻克的重大喜讯。东京又在举行提灯游行，但冷静的山本还是希望，能够尽快结束这场与美国人进行的毫无胜望的战争。
陆军中有着如此清醒头脑的人更是寥若晨星。新年第一天早上，陆军军务局局长武藤章——当年就是这货竭力反对石原莞尔的“不扩大方针”，力主全面扩大对华战争的——来到了外务省，拜会了此时比较清闲的外务大臣东乡茂德。几杯屠苏酒下肚之后，武藤忧心忡忡地告诉东乡：“国民对胜利高兴得过头了，这样下去一点儿好处都没有。今后的路途还很难走，所以外相的政策应该是想办法尽快结束这场毫无希望的战争。”东乡对此无言以对，他哪有能力去左右军部呢？开战之前他曾竭尽全力都未能如愿，如今日军攻势如潮，谁还会把他放在眼里？武藤最后说，第一步首先要把首相东条换掉。说完这些话，武藤告辞，又去向长期反对对美战争的前首相冈田启介说了差不多的一番话。
在菲律宾，日军用两路进逼马尼拉的方式庆祝了新年。本间的北路部队距离马尼拉只有30公里。由于麦克阿瑟之前撤走了所有主力，前面已是一片坦途。南路日军离马尼拉还有超过60公里的路程，公路和桥梁被炸坏导致进军缓慢了许多，但同样未遇到像样的抵抗。有着长时间西方经历的本间并非想象中那样穷凶极恶，他命令部队停下来整顿军容，因为军容不整的军队行军时不可能威严自重，只可能奸淫掳掠。
本间曾拟完整保存马尼拉市，提前限令所有军队不准进入市区。但在1日傍晚，第四十八师团土桥师团长发来电报：“军司令部欲完整保留马尼拉市的殷切希望，已因为市内大面积火灾而落空。本师团长认为，必须把马尼拉从火灾中解救出来，我部拟以主力开进马尼拉，请予指示。”本间于20时回电，命令第四十八师团以所需兵力占领并确保马尼拉市。
菲律宾首都早已做好了迎接日军的准备。市长巴尔加斯准备尽力消除一切能够成为报复措施的理由，使占领军士兵能够尽快在新环境中平静下来。美国远东陆军司令部最后一批人员已经撤走，补给厂的仓库被爆破了，菲律宾人争先恐后搬走了里面的所有东西，尤其是美军来不及带走的大量冷冻食品。各主要路口竖起了“无设防城市禁止发炮”的牌子，街上到处都是散乱和腐烂的垃圾，不时发出一阵阵恶臭。有关地方行政官员奉命坚守岗位，但仍有很多人逃往巴丹或科雷希多。枪声停了，奇妙的寂静随即来临，不过那仅是暂时现象而已。
市内所有的商店全关上了门。在码头区附近，《生活》杂志记者迈登斯亲眼看到一处处仓库遭到洗劫，从汽车到电影胶片什么都抢。在他回到居住的海景饭店时，妻子交给他一封杂志社刚刚拍来的电报，要求他再用第一人称的笔法写一篇目击者见闻，最好是关于美军处于攻势的报道。妻子告诉他，她已擅作主张代他做了回复：“抱歉之至，你们的要求在此处无法满足。”
马尼拉到处都是浓烟。1942年1月2日17时45分，第四十八师团步兵指挥官安部孝一率领的台湾第一步兵联队的一个大队和第四十七联队的两个大队从北面进入马尼拉。15分钟之后，第十六师团的一个步兵大队及搜索联队从南面入城。第十六师团一部迅速占领了甲米地和八打雁。
透过房间窗户，迈登斯夫妇看见，在马路对面美国高级专员塞耶官邸门前的草地上，一队日军护旗兵集合在枝繁叶茂的洋槐树下。随着三声炮响，星条旗从旗杆上掉落下来，一个日军士兵用脚使劲踩了踩它，把一面旭日旗系上了旗杆。当这面旗子徐徐上升时，乐队精神抖擞地奏起了《君之代》：“我皇御统传千代，一直传到八千代。直到鹅石变岩石，直到岩石长鲜苔。”
在原来麦克阿瑟居住的马尼拉饭店顶楼上，很快升起了一面巨大的太阳旗。麦克阿瑟在科雷希多用望远镜可以清楚地看到那面旗帜，这正是本间想要的效果。麦克阿瑟忽然想起，他套间门厅处有一个巨大的花瓶，那是老阿瑟1905年访问日本时，明治天皇赠送给他的礼物，上面撰写着日文。麦克阿瑟想到本间看见花瓶时的样子就禁不住发笑：“我怀疑他会朝着瓶子鞠躬。”
菲律宾人愁容满面地站在路旁，看着那些趾高气扬的新统治者，目光呆滞。刚从集中营里放出来的为数不多的日本人向着自己的同胞欢呼。行进途中，日军官兵混入看热闹的市民中，散发一些写着“粉碎英美帝国主义”的传单。视察马尼拉的大本营高级军官对市民的冷淡反应颇感失望。他们认为把菲律宾人解救出美国人的压迫之后，他们一定会受到当地人的热烈欢迎，没想到绝大多数市民并不阅读传单，有人接传单也只是想留作纪念，或留给后世子孙观看而已。
从集中营里释放出来的日本人多数担任起翻译工作。那些集中营依然有用，仅仅数日之内，里边就住满了居留在马尼拉的美、英居民。3000多名美国人被关押在马尼拉郊区圣托马斯大学校园里，周围布置了铁丝网和岗哨，他们将在那里挨过三年的痛苦时光，缺乏食物和医疗。能够自由居留于马尼拉的欧洲人只剩下意大利人和西班牙人。翌日，所有酒楼及酒吧闭门歇业进行整顿，几家仍旧营业的商店里，四处充斥着拿着军票购物的日军官兵。
本间错误地认为，占领马尼拉就会迫使麦克阿瑟和菲律宾政府屈服。但他很快将会明白，要想迫使麦克阿瑟和他的部队屈服，仅仅奏奏《君之代》或者在塞耶的旧宅升起太阳旗是远远不够的。麦克阿瑟顺利率美菲军主力逃入了巴丹，使得本间试图在马尼拉周围围歼美菲军主力的战略意图完全落空，他只占领了一座无人把守的空城。后来他历尽千辛万苦，用了比原计划多4倍的时间才制服了那些“顽固的巴丹杂种”。
两天后，日本军政府宣布成立。第十四军行政官林义秀少将出任军政部长，下达了一连串禁令：太阳袖章必须佩戴，见了日本兵必须鞠躬，夜间走路不提灯者格杀勿论，西方电影和文学作品统统取缔，学校课程日本化，日历也换成与东京一致。戒严令一经发布，所有火器、弹药、军需品必须交出，对军政府及其职员采取敌对行为者将被处以死刑。如果1个日本人被杀，将处死10名菲律宾人作为惩罚。禁止使用无线电，收音机改造成只能收听日本的广播。工厂、银行、学校、教会、印刷厂悉数归日本人支配。不准升菲律宾国旗，禁唱菲律宾国歌。
进城不久，本间约见了马尼拉市长巴尔加斯并对之进行谆谆教导。本间说，天皇及所有日本人都很尊敬并同情菲律宾人民的解放事业，以求从美国人的统治下把他们解救出来，如今这一目标初步得到实现。为了建设亚洲人自己的亚洲，菲律宾人更应该与日本人同心协力。最后本间强调，因为由美国扶持的奎松傀儡政府已经放弃了对人民的责任，巴尔加斯必须尽快组织成立一个新政府。
一切预示着菲律宾人必须服从。1月23日，巴尔加斯宣布新菲律宾行政委员会成立。委员会包括主席1人和6个部，每部有1名菲律宾委员任部长，同时配1名日本人作为“顾问”，还有几名助理“顾问”。和中国东北地区的伪满洲国一样，菲律宾的部长们不过是橡皮图章而已，说了算的都是日本人派出的所谓“顾问”——那些人绝不是顾上了才问，而是任何事情都问。
本间强调，现在有机会建设一个崭新的菲律宾了，其基础是根除一切西方影响，恢复原来的民族特性和纯粹的菲律宾传统。美国人的生活方式是重物质、重享受，不但腐朽，而且颓废。要获得菲律宾人的新生，只有“通过摆脱基于个人主义、自由主义和民主主义的美国文化的颓废影响，重新成为一个真正的东方民族”。本间告诫说：“渴望独立而又不去努力使自己有资格获得独立的荣誉，那是无用和徒劳的。”接着他无疑是带着不自觉的幽默说：“正像一只豹子无法改变它的斑纹一样，你们也无法改变自己是东方人这一事实。”
傀儡政权成立之前的元旦当天，战前在大选中获胜的奎松和奥斯梅纳在马林塔隧道内宣誓就职总统、副总统，对外宣称菲律宾合法政府依然存在。麦克阿瑟应邀参加了就职仪式，发表了热情洋溢的贺词：“为了取得独立，菲律宾人民已经奋斗了400年。当前就要结束过渡时期，又遭受如此严峻的考验。但是你们没有踌躇，没有迷茫，甚至连一点儿迷惑都没有。菲律宾人民和他们伟大的总统选择了自由。不管今后发生什么事，历史赋予我们的目的只有一个，那就是胜利！”
同一天，美国西海岸的电台开动最大功率，播出了罗斯福总统对菲律宾人民的讲话：“我以美国总统的名义，代表全美国人民向你们致以崇高的敬意。为了彻底打败日本侵略者，美国、英国和中国的人民都在贡献着他们的能力和资源。在这场伟大的战争中，菲律宾人民正在扮演着越来越重要的角色。身为总统的我，对你们的战斗表示由衷钦佩。无论是现在还是将来，美国永远不会忘记你们做出的贡献。我们一定会取得最后的胜利！”
吕宋的战斗暂时告一段落。在第一阶段作战中，温赖特的北吕宋部队由28000人剩下16000人，损失的人大部分是被打散后逃跑掉的，真正战死的并不多。由于有北吕宋部队的掩护加上并未进行像样的战斗，南吕宋集团原有16000人中，有15000人撤入了巴丹。日军死亡627人，受伤1282人，失踪7人。担任主攻的第四十八师团伤亡最大，死亡358人，受伤675人。
至此，新的战局在巴丹形成。1942年第一周，为给半岛部署防御争取更多的时间，温赖特少将在距巴丹半岛入口处25公里布置了一条长约16公里的“瓜瓜—波拉克”防线，由菲律宾第十一、第二十一师据守，仅存的坦克部队担任后援。美军一直认为在他们身后穷追不舍的肯定是日军主力部队，殊不知尾随而至的仅是两个联队而已。本间的主力现在在马尼拉参加隆重的庆祝活动。
之前寂寥的巴丹呈现出一片蓬勃之气。由于预备展开长期的防御战，森林中建起了补给厂、制粉厂和屠宰场。为了便于兵力快速机动，美军改善了半岛道路网。为制造食盐开辟了盐田，渔场也被重新整备。
日军在1月5日迅速突破了美菲军临时构筑的“瓜瓜—波拉克”防线。此时若马尼拉的日军主力迅速南下，一鼓作气向巴丹发起猛烈攻击，美军就很难获得喘息之机。重大变故立即发生了，来自东京的一纸命令彻底改变了菲律宾的战场局势。
“南方作战”已打响的各个战场进展之顺利完全出乎大本营的预料。东京据此做出决定，战役的终极目标——荷属东印度作战比原计划提前一个月进行，必须尽快将那里宝贵的石油抢到手方才心安。时间拖得过长，不仅当地守军会加强防御，更可怕的是荷兰人会毁掉那里的油井和炼油设施。
大本营和南方军均认为，占领马尼拉标志着菲律宾战役已近尾声，下一步扫荡残敌不必花费多大力气。即使麦克阿瑟还能再顽抗几个星期，菲律宾战役也就结束了。1月3日，大本营致电第十四军司令部：海军高桥伊望第三舰队主力调往荷属东印度海域，战役绝对主力土桥的第四十八师团及第四战车联队划入今村均的第十六军，参加对荷属东印度的作战。小畑英良第五飞行集团主力重新划归南方军指挥，随后被调往泰国方向，参加饭田祥二郎第十五军对缅甸的作战，留下支援菲律宾地面作战的飞机仅仅剩下70架。
突如其来的变故使本间和前田目瞪口呆。胜利固然来得容易，但未来之路依然漫长。本间对此感到不安，“扫荡”工作困难重重，再把最精锐的第四十八师团调走，剩下部队的负担就更重了。本间授意参谋长前田立即致电东京，要求第四十八师团迟一个月调走。他们的要求当即遭到拒绝。
现在不是举起了的拳头无处可打，而是突然被人砍掉了一只拳头。以日第十四军剩余近3万兵员，在负责吕宋岛防务之余再去进攻巴丹数量占绝对优势的美菲军部队，预示着巴丹战役注定将是一场旷日持久的作战。
前田最大的担心终于变成了现实。