神农接位天下共主后，时刻铭记了无归道人教导的为洪荒万民作想，神农以德义治理天下。他行事光明磊落，大公无私，天下万民共同爱戴。有他治理的地方，不赏而民勤、不罚而民正，人民生活富足而快乐。
人类学会种植五谷后，许多吃不完的粮食因为保存不好而毁坏。神农又教大家捕捉山中幼兽小鸟，用那些吃不完的粮食来饲养，等到幼兽小鸟长大后再将其宰杀。这样，可谓一举两得，既将那些吃不完的粮食发挥了功用，有免除了人族去山上捕猎的危险。慢慢的，人们发现猪羊、狗、鸡等六种动物最好饲养，便将其统称为“六畜”。
五谷六畜的出现，标志着人类文明进入了一个崭新的农业发展阶段。这时候，人类的劳动果实已有剩余。
从此人们不再缺少食物，并且还有剩余，有时剩余多了吃不完又不能长期保存，无奈只得扔掉，浪费不已。
神农无法，只得向无归道人求教，无归道人闻言笑道：“此事何难，吾且问你，东家有五谷，西家有六畜，各自又剩余，可是东家有五谷却不食六畜，西家有六畜却不食五谷，如何能使双方不单单自食用其中一种呢？”
神农乃是天生圣贤，自然是一点就通，当即命人在陈都城内建立了一条大街，并以之为市致天下之民，聚天下之货，交易而退，各得其所。如此人们有多余的物品便拿到这里互相交换自己认为值得和有用的东西，不仅大大减少了浪费，更将之用在了有用的地方。
那时候的人族还是用兽皮裹身，后来神农治麻为布，并将之推广，从此人们用麻布来做成衣裳，不用再穿兽皮，逐渐走出愚昧！
虽然有伏羲发明了瑟，但人民除了生产还是没有什么更加丰富的生活，神农于是乃取东海之桐，削之为琴，结丝为弦，长三尺六寸六分，上有五弦，曰：宫、商、角、徵、羽。其声可道天地之德，能表神农之和，能使人们娱乐，人皆谓之为神农琴也！
时人族每烤制食物皆用手，如若不小心常会被灼伤，更是缺少盛物的器皿，神农乃以土制成各种可是盛装的器皿，谓之为陶器，自此人们可以用陶器来盛食物，方便了许多。
虽然知道了春夏秋冬，但却不知该在什么时候种植谷种，什么时候是收获的季节，神农于是乃历数年观察四时变化，冷暖交替，在伏羲时代的历法上加以改进，立历日，立星辰，分昼夜，定日月，月为三十日，十一月为冬至。从此人们懂得了什么时候该是种植谷种，什么时候该是收获，如此生产大大增加了许多。
神农因天之时，分地之利，始治农功、正气节、审寒温，以为早晚之期，故历日。神农管理部落，不望其报，不贪天下之财，而天下共富之。智贵于人，天下共尊之。他以德以义，不赏而民勤，不罚而邪正，不忿争而财足，无制令而民从，威厉而不杀，法省而不烦，人民无不敬戴。
在神农的治理之下，人族的发展又进入了一个全新的时代，但是新的问题也是接踵而来。
这一年，天气异常，许久都是滴雨不下。大旱之下人族的收成不佳，时常发生有人因族误食有毒之物中毒而死的事情。这种情让神农开始担忧起来。而后，神农经常得听到有些老弱族人偶尔遇上头痛、发烧之事仍然无法治愈，有些族人就这样死掉了，甚至一些壮年男女发生这样的状况也就无法干活了，只能躺在床上等着好转，而且这些现象现在越来越多，再就是误食毒物或被毒虫、毒蛇所伤的族人越来越多，人族却是束手无策，只能眼睁睁的看着族人死去。
神农在思量许久之后，还是无法找到解决此事的办法，只好前去寻找自己那老师无归道人请求帮助。
无归道人在听闻了神农的诉说之后，道：“天地之间，万物相生相克，生老病死，乃是生灵之本，便是圣人也无法免除众生之苦厄，人族得病，盖因皆是肉体凡胎的缘故，不过，生有常，死有道，病痛可用药物来医治，只是天下病痛无数，所用药物也是不尽相同，你若是想要尽除人族之病痛，怕是不易啊。”
“请师尊教我！”神农闻言连忙跪下说道。
“罢了罢了，你就有心，吾便助你一臂之力。”无归道人叹了口气，知道接下来，这神农怕是要遭受多年苦厄了，从怀中取出一方铜鼎，一方软鞭，递给神农说道：“此乃先天灵宝造化鼎，天生蕴含造化生机，用来炼药制药，最是适合，贫道便将其传给你，用以炼药，此为先天灵宝褚鞭，可辨识万物之属性，又此两物助力，应该能助你免除人族病痛之厄了。”
“多谢师尊。”神农闻言大喜，连忙接过造化鼎和褚鞭，便辞别无归道人，寻求药草去了。
神农得到无归道人指点，辨识天下万物求治病良药，以解人族病痛之厄，可是天下万物种类繁多，神农虽然有无归道人赐下的楮鞭，能够每种植物的属性辨别清楚，可是知道具体属性，却并不知道这些植物的好坏，药效，什么能够治病，什么能够害人，治病的能够治什么病，害人的被误食了又该如何解决。
最终，神农下定了决心，他决定亲自去尝试天下万物，分辨百草之善恶，他有天生的水晶肚，能够分辨什么药草有毒，什么药草无毒，也能分辨药草功效，而且身具功德在身，能够化解毒性。
一路之上，神农也不知道尝试了多少种药草，其中有毒的数不胜数，每一次毒药入腹，都让神农受尽折磨，虽然依靠他的水晶肚和功德，他每一次都能转危为安，可是如此持续不断的痛苦，却是让他饱受折磨，原本健壮的身躯，也变得苍老不堪，好似百岁老人一样。