再把视线转向朝廷西迁后的关中。
关中历来是兵家要地，东有潼关、函谷关，又有黄河天险，南面是秦岭，西面和北面都是边塞。董卓到了长安，开始憧憬起自己幸福的晚年生活，可是有一些人不想看到恶贯满盈的董卓也有一个幸福的晚年，他们无时无刻不想把这个祸国殃民的匹夫除掉，他们就是从洛阳被裹挟至此的士人们。
在这些士人中，反董意志最坚决的是当初何进引进的那批人，他们和袁绍等人都有着割舍不断的联系，在伍琼、周毖被杀后他们继续忍辱负重，一面迎合着董卓，一面继续在董卓身边当卧底。他们认为现在的乱局都是董卓一个人造成的，如果把他杀了，然后夺取兵权，就可以趁着凉州军群龙无首，占据函谷关，以献帝的名义统领全国，所以他们开始了谋划除掉董卓的行动。
初平三年（192）春天，一连下了60多天的雨，在春季的关中地区，这比较反常。这一天，王允主持一个祈祷雨停的仪式，完事之后跟几个同僚在一起走，之中有尚书仆射士孙瑞、护羌校尉杨瓒。他们几个人之前秘密讨论过铲除董卓的事，看到现在天气这么异常，士孙瑞说：“自从去年底到现在，太阳不照，霖雨不停，星宿运行紊乱，昼阴夜阳，雾气交侵，这种混乱的日子应该有个尽头，如果不把握天机，先发制人，恐怕后患无穷啊！”
士孙瑞劝王允早下决心，王允答应了。
为此，王允去找郑泰商量。郑泰是个老官僚，又最善于忽悠，尤其在忽悠董卓方面比较有经验，他出了个主意，由王允出面向董卓建议，任命杨瓒为左将军，士孙瑞为南阳郡太守，让他们二人领兵由武关道出兵攻击袁术，这个主意的要点是尽可能抓兵权，一旦手里有了兵权，就有了突然向董卓发难的条件，武关道是关中通往南阳郡的捷径，控制了这条战略要道，进退都行。郑泰的这个建议说是征袁术，关键时刻把袁术从武关道放进来才是真。
然而这条建议被董卓否决了，并非董卓识破了郑泰等人的密谋，而是他现在脑子里只想闭关自守，对主动出击没有兴趣。
董卓这个人看来相当狡猾，行动一筹莫展，百官焦急万分。
有个人等不及了，干脆直接对董卓展开了刺杀行动，这个人名叫伍孚，豫州刺史部汝南郡人，跟袁绍是老乡，担任过何进大将军府里的人事处副处长（东曹属），和袁绍、袁术、曹操这些人应该都挺熟。董卓掌权后他也潜伏了下来，一直不露声色地寻找机会。
由于伪装工作做得好，董卓没有识破他的身份，职务反而不断升迁，先后担任了侍中、河南尹等重要职务，目前的职务是北军五营之一的越骑校尉。北军曾是中央军的主力，驻扎在京师附近，但此时的北军基本上是个摆设，所有的军权都在董卓手里掌握着，长安城内外防守归凉州军，伍孚要刺杀董卓，只能凭一己之力。
这天，伍孚在朝服内暗穿小铠，又身藏一柄短刀，借故向董卓汇报事情。董卓对伍孚十分客气，说完事还把他送到院中，边走边说，还亲热地拍了拍伍孚的后背。离得这么近，正是下手的好机会，伍孚见四下无人，拔刀便刺！
虽然是越骑校尉，但毕竟是个文人，这一刀满怀着仇恨而出，力气却明显不够。董卓是个武人，人高马大反应敏捷，力气还大得惊人。伍孚没有刺中，反被董卓一把扭住，闻讯赶来的人把伍孚拿下。董卓咆哮道：“你小子要造反吗？”伍孚虽然被擒，仍很英勇，他大声喊道：“你非我君，我非你臣，何反之有？”伍孚只求速死，为此他继续激怒董卓：“你乱国篡主，罪盈恶大，今天是你死之日，所以来诛奸贼，恨不车裂你于市朝以谢天下！”
董卓怒不可遏，当场杀了伍孚。
事后董卓应该感到后悔，董卓应该把伍孚抓起来好好审审，看看他还有哪些同伙。一般来说，像这样的刺杀行动绝不会孤军作战，伍孚的后面还有人。
果然，伍孚倒下后，更多的伍孚站了出来，领头的人是何颙，他跟袁绍关系密切，曾是袁绍的智囊，袁绍逃走后，不知为何董卓聘他当了自己相国府的长史，何颙秘密联络了很多反董的人，准备寻找时机对董卓下手。何颙联络的人里有荀爽、王允，还有郑泰、种辑、荀攸、华歆等人。王允、郑泰不用说，一直想下手但苦于没机会，荀爽当时担任司空，荀攸是荀爽的侄孙，担任黄门侍郎，华歆的职务是尚书郎，都属于秘书一类的中层干部，种辑的地位比荀攸和华歆高一些，担任侍中，属于部长一级的高官。
他们这些人在一起密谋的时候，荀攸曾说过：“董卓无道，天下人都怨恨他，虽然他聚集了不少精兵，但实际上不过是一个勇夫而已。我们应该刺杀他以谢百姓，然后借皇帝的诏令来号令天下，事情如果成功，这将是像齐桓公、晋文公那样的霸王之举！”
眼看这一回要大干一场，但就在这时，荀爽去世了，接下来他们的密谋也暴露了，对于如何暴露的这个重要情节史书均无交代。一般来说，如果没有人告密，董卓不可能知道得那么及时和准确，但谁告的密呢？无法猜测。董卓随即展开了大搜捕，郑泰、华歆动作快，连夜逃出了长安，辗转由武关道投奔南阳郡的袁术去了，荀攸、何颙没那么幸运，他们被董卓抓了起来。
董卓这一回学聪明了，没有马上杀了他们，而是展开了审讯。何颙不招，董卓给他用上了刑，何颙不堪酷刑，在狱中自杀。荀攸大概也被用了刑，但他比较经打，没招供也没自杀，在狱中活得倒泰然自若，该吃就吃，该喝就喝。荀攸一直坐牢到董卓被杀后，他出狱时看到了胜利的那一刻。
而王允和种辑却侥幸没有暴露，继续潜伏了下去。
士人们的密谋一次又一次失败了。
恶人难除，自己的同道反而死的死、逃的逃、抓的抓，侥幸漏网的王允、种辑感到非常着急。王允虽然获得了董卓的信任，但他这时已经55岁了，作为政治家是一个成熟的年龄，但是搞暗杀却总有些力不从心。但从此收手的话又很不甘心，这样做既对不起伍孚、何颙这些烈士，也辜负了汉室重臣的责任。每当看到恶人董卓继续逍遥地活着，继续危害国家社稷，王允的心里都充满了仇恨，心绪难平。
要接着干就得有人，王允看了看身边能帮上忙的，除种辑以及在尚书台供职的士孙瑞外，也就是杨彪、黄琬这几个人了，但他们年龄也普遍偏大，黄琬、杨彪比自己小几岁，但也超过了50岁，搞暗杀也都没有经验。
这时一个人进入王允的视线，这个人是他的同乡李肃。李肃跟王允一样都是并州人，出身于丁原的并州军，现在像他们一样在长安的并州人还有不少，当年丁原手下人多势众，在吕布的带领下都归顺了董卓，并且一同来到了长安。
但是来了以后却感到很失落，与凉州军相比，并州军得不到重视，以李肃为例，不仅在并州军倒戈事件中立有大功，而且协助凉州军与关东联军作战，在抗拒孙坚的战斗中再立战功。但是，他的职务升得很慢，勉强当了个骑都尉，不仅与董家的弟兄子侄不能比，与凉州军的牛辅、李傕、郭汜、樊稠、张济等人也差得远。李肃如此，并州军的领头人吕布也好不到哪里去，他曾杀了丁原，为董卓立下的功劳更大，但职务也仅比李肃高一点儿，是个师长（中郎将），并州军其他人的情况便可想而知。
因为同乡的关系，李肃和王允有了一定交往，言谈间常流露出不满和牢骚，这让王允重新看到了希望，觉得可以争取李肃，继而争取到吕布和并州军。王允于是不露声色加紧了与李肃的往来，并通过李肃联络上了吕布。大家既然都是并州老乡，搞个同乡会什么的，一块吃吃饭、郊游郊游，总还不至过于引起太多的注意。
一来二去，他们越说越投机，越说越能说到一块。
他们在一起谈话的中心议题是董卓太不够意思，太对不起并州军的弟兄们了，大家舍生忘死、背井离乡跟随董卓到长安来，头上顶着忘恩负义、卖主求荣的骂名，为董卓的事业出生入死、玩命打拼，到头来得到的却是如此不公。
说心里话王允对吕布的为人倒也未必能看得上，仅是“卖主求荣”这一条王允就能鄙视他一辈子。但现在为了反董大业，王允也跟吕布套上了近乎，说到对董卓的不满时，王允随声附和，添油加醋，有时还会编一些不利于董卓和吕布团结的小道消息，让吕布越想越恨，越想越觉得跟董卓这一步棋错了。
这时又发生了两件事，坚定了吕布反董的决心。
第一件事情是，董卓曾经为小事和吕布翻脸，并差点儿把吕布杀了。董卓这个人性格急躁，冲动起来做事不计后果，有一次因为一件小事对吕布不满意，拔出手戟就朝吕布扔了过去。手戟是一种防身的短兵器，类似匕首，可以随身携带，或刺杀或投掷，都可以立即要人命。
幸好吕布号称飞将，身手也不是一般人能比的，躲过了。事后吕布主动承认错误，董卓的气也消了些。对董卓来说这事可能就过去了，对于吕布，心有余悸之下增添了新的许多不满。
第二件事情是，吕布勾引了董卓身边的侍女，心里很不安。
董卓让吕布负责自己的安全保卫工作，这样吕布就可以经常出入董卓的内室（中）。从这个安排看，董卓其实还是信任吕布的，这与吕布自己的内心感受有差别。
董卓曾明确吕布是自己的养子，他从来没有否认过这件事，只有最信任的人才能放在最关键的岗位上，这就是疑人不用，董卓做到了。问题是董卓的领导艺术过于粗放，如果信任吕布，就应该让吕布感到安心，既要疑人不用，更得用人不疑，对手下的人既要严厉，又要关心和爱护，随时掌握他们的心理变化。
董卓哪懂得这些？董卓一方面重用吕布，另一方面表现得很严厉，说打就打，说骂就骂。吕布利用工作方便，一来二去跟董卓的一个侍婢好上了，吕布很担心这件事最终会被董卓发现，所以很紧张。
在王允的努力下，吕布、李肃被成功策反，吕布开始还有些犹豫，对王允说：“我也想杀董卓，怎奈我们还有父子这层关系！”王允觉得他的话可笑，劝他说：“你姓吕，不是董卓的骨肉。现在大家都愁着怎么让他死，还说什么父子呢？”
吕布最终答应参与王允的刺杀行动，除掉董卓。
当时为防备关外武装，董卓把凉州军的主力都布防在了陕县、潼关一线，长安的势力相对薄弱，这为王允、吕布下手提供了机会。
初平三年（192）4月23日，董卓进宫参加朝会，吕布安排李肃以及秦谊等10多名勇士穿上卫士的衣服守在董卓必经的宫门附近，待董卓在此经过时将其刺杀。消息传出，长安城里压抑已久的人们终于扬眉吐气，大家载歌载舞，举行了盛大的狂欢。有人卖掉了珠宝首饰和漂亮衣服，换来酒肉进行庆贺，长安城大小街道上都是欢乐的人们。
王允随即下令释放监狱里的荀攸等人，把董卓的弟弟董旻、侄子董璜等董氏家族成员全部诛杀，把董卓的尸体拖到长安城里最热闹的集市上示众。又派人去郿坞，把那里的董氏族人就地处死。